TreeMig-Framework
The TreeMig-Framework besteht aus
- dem TreeMig-Kernmodell, implementiert in FORTRAN,
- dem TreeMig-R-Paket, das die Eingabedaten für das Kernmodell vorbereitet, das Kernmodell aufruft, die Modellresultate weiter verarbeitet und plottet sowie
- einem grafischen Benutzer-Interface, das mit R shiny und Javascript implementiert wurde.
Das TreeMig-Kernmodell wird über eine Textdatei mit Kontrolleinstellungen gesteuert und benutzt Artparameter, Bioklima- und Landnutzungsdaten als Eingabe. Die Aufbereitung dieser Kontroll- und Eingangsdaten, der Aufruf von TreeMig und die grafische Ausgabe der Ergebnisse werden durch das neue TreeMig-R-Paket vereinfacht. Dieses kann direkt über ein R-Skript verwendet werden oder mit Hilfe eines grafischen Benutzerinterfaces (GUI). Das GUI ermöglicht auch die Ausgabe des von ihm erzeugten und verwendeten TreeMig-R-Skriptes, das wiederum als Basis für weitergehende, komplexere Simulationen verwendet werden kann.
TreeMig-Kernmodell
Das TreeMig-Kern-Modell wurde in FORTRAN implementiert. Dieser FORTRAN Code wird auf Anfrage zur Verfügung gestellt. Bitte beachten Sie, dass es sich um einen umfangreichen, komplexen Code handelt und dass trotz der umfangreichen Dokumentation eine Veränderung des Codes schwierig und fehleranfällig ist.
TreeMig-R-Paket
Der Code des TreeMig-R-Pakets ist auf unserem GitLab verfügbar. Auf der Wiki-Seite finden Sie detaillierte Informationen zu den verschiedenen Funktionen und den Vorgaben für die Eingabedaten.
Die neuste Version des TreeMig-R-Pakets lässt sich mit folgendem R-Code installieren:
# Installation des Pakets "remotes"
if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
install.packages("remotes")
}# Installation der letzten TreeMig-Version von GitLab
remotes::install_gitlab(repo = "TreeMig/treemig-r@main", host = "https://gitlabext.wsl.ch")
Grafisches Benutzerinterface
Das grafische Benutzerinterface kann mit dem folgenden R-Code aufgestartet werden:
Bitte beachten: Für den allerersten Einsatz des TreeMig-Frameworks empfehlen wir dringend das Starter Kit!
# Aufstarten des GUI
TreeMig::runTreeMigShiny(port=NULL)
Hinweis zur Nutzung
TreeMig, das TreeMig-R-Paket und die Beispiel-Daten können für Ihre Arbeit frei benutzt werden.
Wenn Sie dies tun, beachten Sie bitte, dass es sich um eine vorläufige Version handelt, und dass TreeMig [1,2], das TreeMig-R-Paket [3] und die Beispieldaten [4] zitiert werden müssen, wenn Sie darauf basierende Ergebnisse veröffentlichen.
Es wäre am besten, wenn Sie uns für Unterstützung kontaktieren, insbesondere wenn Sie mit dem FORTRAN-Code des Modells arbeiten wollen.
Zitierung
[1] Lischke, H. 2020. Simulation der Baumartenmigration im Klimawandel. Schweiz. Z. Forstwes. 171:151–157.
[2] Lischke, H., N. E. Zimmermann, J. Bolliger, S. Rickebusch, and T. J. Loffler. 2006. TreeMig: A forest-landscape model for simulating spatio-temporal patterns from stand to landscape scale. Ecological Modelling 199:409-420.
[3] treemig.wsl.ch, weitere Zitierungen werden folgen.
[4] Referenzen unter Beispieldaten für die Schweiz.