TreeMig-Framework ¶
The TreeMig-Framework besteht aus
- dem TreeMig-Kernmodell, implementiert in FORTRAN 95,
- dem TreeMig-R-Paket, das die Eingabedaten für das Kernmodell vorbereitet, das Kernmodell aufruft, die Modellresultate weiter verarbeitet und plottet sowie
- einem grafischen Benutzer-Interface, das mit R shiny und Javascript implementiert wurde.
Das TreeMig-Kernmodell wird über eine Textdatei mit Kontrolleinstellungen gesteuert und benutzt Artparameter, Bioklima- und Landnutzungsdaten als Eingabe. Die Aufbereitung dieser Kontroll- und Eingangsdaten, der Aufruf von TreeMig und die grafische Ausgabe der Ergebnisse werden durch das neue TreeMig-R-Paket vereinfacht. Dieses kann direkt über ein R-Skript verwendet werden oder mit Hilfe eines grafischen Benutzerinterfaces (GUI). Das GUI ermöglicht auch die Ausgabe des von ihm erzeugten und verwendeten TreeMig-R-Skriptes, das wiederum als Basis für weitergehende, komplexere Simulationen verwendet werden kann.
TreeMig-Kernmodell ¶
Das TreeMig-Kern-Modell wurde in FORTRAN 95 implementiert. Dieser FORTRAN Code wird auf Anfrage zur Verfügung gestellt, unter der Lizenz CC-BY-NC-SA 4.0. Bitte beachten Sie, dass es sich um einen umfangreichen, komplexen Code handelt und dass trotz der umfangreichen Dokumentation eine Veränderung des Codes schwierig und fehleranfällig ist.
TreeMig-R-Paket ¶
Der Code des TreeMig-R-Pakets ist auf unserem GitLab verfügbar. Auf der Wiki-Seite finden Sie detaillierte Informationen zu den verschiedenen Funktionen und den Vorgaben für die Eingabedaten.
Die neuste Version des TreeMig-R-Pakets lässt sich mit folgendem R-Code installieren:
# Installation des Pakets "remotes"
if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
install.packages("remotes")
}# Installation der letzten TreeMig-Version von GitLab
remotes::install_gitlab(repo = "TreeMig/treemig-r@main", host = "https://gitlabext.wsl.ch")
Grafisches Benutzerinterface ¶
Das grafische Benutzerinterface kann mit dem folgenden R-Code aufgestartet werden:
Bitte beachten: Für den allerersten Einsatz des TreeMig-Frameworks empfehlen wir dringend das Starter Kit!
# Aufstarten des GUI
TreeMig::runTreeMigShiny(port=NULL)
Hinweis zur Nutzung ¶
TreeMig, das TreeMig-R-Paket und die Beispiel-Daten können für Ihre Arbeit frei benutzt werden.
Wenn Sie dies tun, beachten Sie bitte, dass es sich um eine vorläufige Version handelt, und dass TreeMig [1,2], das TreeMig-R-Paket [3] und die Beispieldaten [4] zitiert werden müssen, wenn Sie darauf basierende Ergebnisse veröffentlichen.
Es wäre am besten, wenn Sie uns für Unterstützung kontaktieren, insbesondere wenn Sie mit dem FORTRAN-Code des Modells arbeiten wollen.
Zitierung
[1] Lischke, H. 2020. Simulation der Baumartenmigration im Klimawandel. Schweiz. Z. Forstwes. 171:151–157.
[2] Lischke, H., N. E. Zimmermann, J. Bolliger, S. Rickebusch, and T. J. Loffler. 2006. TreeMig: A forest-landscape model for simulating spatio-temporal patterns from stand to landscape scale. Ecological Modelling 199:409-420.
[3] treemig.wsl.ch, weitere Zitierungen werden folgen.
[4] Referenzen unter Beispieldaten für die Schweiz.